O Instituto de Biociências é a unidade responsável pelo Curso de Ciências Biológicas e desenvolve atividades de ensino, pesquisa e extensão à comunidade, sendo constituído por cinco departamentos. Conta ainda com Biblioteca, Centro de Estudos do Genoma Humano, Laboratório de Microscopia Eletrônica, Laboratório de Abelhas, Herbário, Fitotério e uma Reserva Florestal.
O DEPARTAMETO DE GENÉTICA E BIOLOGIA EVOLUTIVA constitui um tradicional centro de ensino e pesquisa nas áreas de Biologia Celular, Genética e Biologia Evolutiva, enfocando tanto aspectos clássicos quanto os mais modernos da Biologia Molecular.
No DEPARTAMENTO DE BOTÂNICA o ensino e a pesquisa concentram-se no estudo da diversidade, fisiologia, e aproveitamento econômico das plantas dos ecossistemas brasileiros.
No DEPARTAMENTO DE ECOLOGIA são estudados os ecossistemas terrestres e aquáticos em diferentes níveis de abordagem, desde sensoriamento remoto até auto-ecologia.
O DEPARTAMENTO DE FISIOLOGIA é responsável pelos estudos relacionados a diferentes aspectos da Fisiologia Animal Comparativa, especialmente os vários mecanismos de adaptação às variações ambientais.
O DEPARTAMENTO DE ZOOLOGIA está voltado ao estudo da biologia, morfologia, comportamento, sistemática e evolução de vertebrados e invertebrados de água doce, marinhos e terrestres, especialmente aqueles da América do Sul.
A BIBLIOTECA do IB atende a toda comunidade USP e também usuários de outras instituições, empresas, laboratórios e institutos congêneres. Tem como missão promover o acesso, a disseminação, a produção e a utilização da informação como apoio ao ensino, à pesquisa e à prestação de serviços à comunidade, atuando como centro de referência nacional na área de Ciências Biológicas; mantendo o compromisso com a democratização do acesso à informação de forma equitativa, respeitando a ética, os valores humanos e a sustentabilidade.
O LABORATÓRIO DE MICROSCOPIA ELETRÔNICA conta com um microscópio de transmissão e um de varredura, servindo não só o IB como a várias unidades da USP e outras instituições.
O LABORATÓRIO DE ABELHAS do Departamento de Ecologia mantém ninhos de diversas espécies de abelhas nativas. Nele são realizadas pesquisas sobre os produtos das abelhas sociais, tais como mel e própolis.
No Departamento de Botânica encontra-se o HERBÁRIO da Universidade São Paulo (SPF), com um acervo de mais de 154.000 espécimes principalmente da flora brasileira, incluindo coleções de algas marinhas. Associada ao Herbário está a Xiloteca (USPw), com diversas amostras de madeiras brasileiras.
O FITOTÉRIO do Departamento de Botânica mantém locais que procuram simular alguns ecossistemas naturais, um orquidário, uma coleção de plantas carnívoras e o Jardim Japonês, inaugurado no fim dos nos 60 pelo então Príncipe Akiito, além de 4 casas de vegetação e 1 estufa.
A única RESERVA FLORESTAL, de preservação permanente, da Cidade Universitária “Armando de Salles Oliveira” pertence ao IB e dá nome ao local, ou seja, rua do Matão. Embora tenha sofrido intensa interferência humana, pois pertencia à antiga fazenda Butantan, representa parte da antiga cobertura florestal da cidade de São Paulo.