O Departamento de Ecologia foi criado em 1976, e instalado em 1977, nas dependências do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, por docentes provenientes, em sua maioria, dos Departamentos de Botânica e de Zoologia. Dois docentes dos Departamentos de Fisiologia e Genética e Biologia Evolutiva juntaram-se ao corpo docente fundador. Atualmente, possui 22 docentes ativos (3 titulares, 3 associados, 16 doutores) e mais dois docentes aposentados (titulares), cadastrados no Programa Professor Sênior, e um professor visitante, que trabalham com questões relacionadas à ecologia, evolução e conservação biológica, tanto em ambientes terrestres como aquáticos. O corpo técnico-administrativo é composto por 9 técnicos de laboratório (dois nível superior e 7 nível médio), 1 técnico de informática (nível médio), 3 técnicos administrativos (nível médio) e 2 técnicos nível básico.

Os docentes do Departamento de Ecologia ministram disciplinas, nos períodos diurno e noturno, para o curso de Ciências Biológicas (Bacharelado e Licenciatura), e também para os cursos de Bacharelado em Química Ambiental e de Licenciatura em Geociências e Educação Ambiental, ambos no período noturno.

O Programa de Pós-Graduação em Ecologia, credenciado em 1982 para o Mestrado e, em 1993, para o Doutorado, conta atualmente com 29 orientadores e 40 alunos de mestrado e 33 alunos de doutorado matriculados. Já conferiu 244 títulos de Mestre e 126 títulos de Doutor. No último triênio (2010-2012), foi avaliado com conceito 6 pela CAPES.

Além do corpo discente, que inclui alunos de graduação, envolvidos em atividades de iniciação científica, e de pós-graduação, o Departamento de Ecologia tem recebido um número crescente de recém-doutores para a realização de pós-doutorados, nas várias linhas de pesquisa a que seus docentes se dedicam.

Uma característica do Departamento de Ecologia é a constante troca de experiências com outras Universidades, do Brasil e do exterior, expressa tanto através de convênios, formais e informais, como pela vinda de professores visitantes, tanto para estadias de curta, como de longa duração.