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O Departamento de Zoologia conta com 20 docentes ativos, com 7 técnicos e 2 secretárias, ​com 55 alunos de graduação associados aos laboratórios liderados pelos docentes, e coordena um programa de pós-graduação que conta com ​110 pós-graduandos. 

A pesquisa científica desenvolvida no Departamento está voltada ao estudo da sistemática, morfologia, anatomia funcional, desenvolvimento (embrionário e pós-embrionário), história natural e comportamento de diversos filos animais (incluindo invertebrados e vertebrados), sempre com um enfoque evolutivo, comparado.

Inclui estudos desenvolvidos em laboratório e diretamente no campo, sendo explorados diversos ambientes, tais como bentos, nécton e plâncton marinho e de água doce, praias, costões rochosos, ambientes terrestres e subterrâneos, entre outros, além de pesquisa voltada ao ensino de Ciências Biológicas.

Com tais estudos, o Departamento contribui para revelar e entender a diversidade faunística brasileira e da América do Sul, considerando aspectos de taxonomia e filogenia de grupos recentes e fósseis, distribuição geográfica e biogeografia histórica, e ecologia de sistemas e história natural. Grande parte dos docentes também está envolvida em diretorias de sociedades científicas, corpos editoriais de periódicos científicos nacionais e estrangeiros, emissão de parecer para órgãos de fomento e periódicos, identificação de material biológico e emissão de laudos técnicos para a comunidade científica e para o público em geral.

Quanto aos laboratórios, o Departamento conta com “grupos de pesquisa” liderados individualmente ou em conjunto pelos docentes do Departamento, cada um com instalações próprias, e conta com “instalações” de uso comum, algumas contando com técnicos especializados.

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