A formação inicial do Departamento salientava a abordagem em Fisiologia Comparativa clássica, tendo como eixos centrais as seguintes perguntas: quais são os mecanismos associados às diversas funções animais e como esses mecanismos evoluíram. Ao longo dos anos, a Fisiologia Comparativa clássica derivou em inúmeras vertentes e passou a ser uma das disciplinas mais integrativas das Ciências Biológicas. Novas abordagens, interações disciplinares, objetivos e modelos foram incorporados, e o Departamento de Fisiologia Geral acompanhou essas mudanças. Sua abordagem tradicional continua vigente, sendo uma característica atual do Departamento e um dos seus diferenciais. Seus integrantes atuam tanto na pesquisa em Fisiologia Comparativa quanto na convergência disciplinar da Fisiologia com outras áreas do conhecimento. Como descrito nos próximos itens, as pesquisas realizadas pelo Departamento de Fisiologia Geral incorporam a investigação dos mecanismos celulares, sistêmicos e ecológicos que permitem aos diferentes organismos perceber e ajustar sua fisiologia autonômica e comportamental às variações recorrentes ou não dos ambientes externos e internos. A crescente integração entre os pesquisadores do Departamento de Fisiologia Geral permite que os pontos fortes de cada um sejam associados de forma benéfica na pesquisa realizada como um todo, resultando na geração de conhecimentos mais amplos e integrados. Nesse sentido, as pesquisas realizadas no Departamento relacionadas com o Ensino em Ciências, ganharam força recentemente e focam o desenvolvimento de estratégias de ensino e aprendizagem de Fisiologia. Deste modo, a pesquisa do Departamento de Fisiologia Geral vem ampliando suas abordagens em harmonia com o ensejo de excelência buscado pelo Instituto de Biociências e pela Universidade de São Paulo.