O Departamento de Zoologia foi criado em 1934 como parte integrante do Curso de História Natural da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras da Universidade de São Paulo. Seu primeiro diretor foi o zoólogo alemão Ernst Bresslau (1877-1935). Zoológo de ampla formação, Bresslau conhecia bem o Brasil, país que considerava o paraíso dos zoólogos, mas faleceu pouco depois de assumir seu cargo.
Após sua morte e de consultas a cientistas europeus e americanos, uma comissão convidou o Prof. Dr. Ernst Gustav Goltthelf Marcus (1893-1968), também alemão, a dirigir o Departamento. Marcus esteve à frente do Departamento de Zoologia de 1936 até 1963 quando se aposentou compulsoriamente. Ele e sua esposa, Eveline du Bois Reymond Marcus, (1901-1990) dedicaram-se extensivamente ao estudo da anatomia e sistemática de invertebrados.
Após essa data, chefiaram o Departamento Diva Diniz Corrêa (1963-1977), Walter Narchi (1977-1981 e 1985-1989), Gilberto Righi (1981-1985), Carlos Eduardo Falavigna da Rocha (1989-1991), Naércio Aquino Menezes (1991-1995), Elizabeth Höfling (1995-1999), Sergio Antonio Vanin (1999-2003), Miguel Trefaut Rodrigues (2003-2007), Elizabeth Höfling (2007-2009), Eleonora Trajano (2009-2011), Pedro Gnaspini (2011-2014).
O Departamento de Zoologia iniciou suas atividades no porão da Faculdade de Medicina da USP, passando depois ao Palacete Street da Alameda Glete, onde permaneceu até 1955. Nesse ano mudou-se para o Prédio Zoologia, atualmente Edifício Ernesto Marcus, o primeiro da área que o Instituto de Biociências ocupa no campus, onde se encontra até hoje. Em 1964, o Departamento de Zoologia passou a integrar o Curso de Ciências Biológicas e, a partir de 1970, foi incorporado ao Instituto de Biociências da USP.
Entre 1936 e 1960 a pesquisa no Departamento cresceu centrada no estudo dos cnidários, artrópodes, moluscos e vermes, realizada por Ernst Marcus, Michel Pedro Sawaya, Marta Vannucci, Diva Diniz Corrêa, Claudio Froehlich, Tagea K. S. Bjönrnberg, Eudoxia Froehlich, Liliana Forneris, Walter Narchi, Gilberto Righi e Erika Schlenz. A partir de 1970, com a contratação de novos docentes, além de prosseguir com as pesquisas em invertebrados, o Departamento passou a realizar pesquisas em anatomia, sistemática, evolução, biogeografia, ecologia e comportamento de vertebrados nas áreas de ictiologia, ornitologia e herpetologia. Desde 1970 com a implantação do curso de pós-graduação em Zoologia, nos níveis de mestrado e doutorado, várias novas linhas de investigação foram abertas tornando o Departamento um dos maiores centros de formação de zoólogos do país. Os inúmeros docentes que por aqui passaram contribuíram de maneira decisiva para consolidar a posição de destaque nacional e internacional do Departamento.
Atualmente, as pesquisas realizadas no Departamento estão voltadas ao estudo da biologia, morfologia, anatomia funcional, comportamento, sistemática, evolução, desenvolvimento e conservação de protistas de vida livre, invertebrados (Cnidaria, Mollusca, Annelida, Platyhelminthes, Crustacea, Arachnida e Insecta) e de vertebrados (peixes, anfíbios, répteis, aves e mamíferos) de água doce, marinhos, terrestres e cavernícolas, especialmente da América do Sul; além de pesquisas na área de Ensino de Ciências Biológicas. Os estudos estão reunidos em laboratórios comuns, procurando incentivar pesquisas de cunho abrangente. Atualmente, vários projetos temáticos multidisciplinares estão em andamento, muitos deles utilizando técnicas de análise sistemática moderna, algumas de uso já consagrado, como as moleculares. A pesquisa no campo visando o estudo da ecologia e evolução da fauna das grandes paisagens brasileiras tais como a Amazônia, Mata Atlântica, Caatinga, Cerrados, assim como a dos ecossistemas de água doce, marinhos e subterrâneos é atividade permanente do Departamento. É através dela que temos contribuído para revelar a diversidade faunística do país, passo indispensável para planejar e assegurar sua conservação.
Do ponto de vista do ensino, o Departamento participa do curso de Graduação do Instituto de Biociências oferecendo disciplinas obrigatórias e eletivas departamentais e interdepartamentais e disciplinas optativas. Todos os docentes do Departamento também ministram disciplinas na pós-graduação. Deve-se salientar que, além de alguns dos docentes ministrarem disciplinas de extensão no Instituto, fazem-no também fora dele, especialmente em outros estados durante congressos nos quais mini-cursos para especialistas são muito procurados. Outras atividades de extensão como palestras, entrevistas à mídia, assessorias diversas a órgãos públicos e empresas privadas, identificação de material, auxílio no estudo e elaboração de mecanismos que levem ao aperfeiçoamento ou elaboração de políticas públicas e de conservação, são realizadas por nossos docentes.
Atualizado em 17 de Outubro 2014.