Laboratório de Sistemática e Biogeografia de Insecta


     

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Programas para Filogenia

1. Análise cladística

2. Editoração de matriz de dados

3. Editoração de cladogramas

4. Análise Biogeográfica e Interação Parasita-Hospedeiro

 

 

Atenção: A ênfase aqui é dada para programas de filogenia para caracteres morfológicos com base em parcimônia.

 

Se não é o que procura, vá ao final da página.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 


1. Análise cladística

  (ênfase para os softwares para sistema DOS e Windows).

 

 

  PAUP* (Phylogenetic Analysis Using Parsymony and Other Methods)

 

Para sistemas Windows, Macintosh e Unix.

(* Desenvolvido por David L. Swofford)

 

Maiores informações no links:

http://paup.csit.fsu.edu/

http://www.sinauer.com/detail.php?id=8060

 

INFO 1: É um dos programas considerados mais completos para reconstrução filogenética. A versão comercializada ainda é uma versão beta, ou seja, não é uma versão definitiva. Na página oficial do PAUP (o primeiro link acima), há várias dicas sobre bugs (problemas eventuais) que podem ocorrer durante a execução do programa. Nela, você poderá também fazer o download do "manual de instruções" (Command Reference), imprescindível para o uso correto do programa.

 

INFO 2: Assim como o MacClade (ler INFO 2), seu alto custo (85 dólares) torna seu acesso bastante restrito. Muitas pessoas utilizam versões piratas do programa (o mesmo vale para o MacClade).

 


 

 

Winclada

 

Para sistema Windows, roda vários tipos de programas como NONA, PEE-WEE, Hennig86, etc.

(* Desenvolvido por Kevin Nixon)

 

Maiores informações no link:

http://www.cladistics.com/about_winc.htm

 

INFO 1: O Winclada é um programa multi-funcional funciona como uma interface gráfica principalmente para uso dos programas NONA e PEE-WEE, além disso, pode ser utilizado na editoração de matriz de caracteres, e também na editoração e visualização de cladogramas, com opções de otimização de caracteres (não-ambíguos, ACCTRAN, DELTRAN). Com o pacote Winclada+NONA instalado no seu computador, você terá à disposição diversas ferramentas necessárias para a reconstrução filogenética. No site oficial, você irá encontrar notícias de bugs conhecidos.

 

INFO 2: O programa é um shareware e o autor (Kevin Nixon) pede o valor de 50 dólares para sua utilização, entretanto, o programa nunca expira.

 

INFO 3: Na página da Diane Lipscomb (http://www.gwu.edu/~clade/faculty/lipscomb/) é possivel fazer o download de um guia (formato DOC) para utilização do Winclada.

 


 

 

NONA

 

Para sistema PC-DOS.

(* Desenvolvido por Pablo Goloboff)

 

Maiores informações no link:

http://www.cladistics.com/about_nona.htm

 

INFO 1: Programa de busca por parcimônia, bastante útil e prático, principalmente se utilizado em associação com o Winclada. A versão disponível no site oficial é uma versão shareware, apesar de nunca expirar. A vantagem de se utilizar o NONA é sua enorme velocidade na busca de cladogramas se comparado ao PAUP.

 

INFO 2: O programa aplica basicamente a pesagem igual de caracteres, para quem estiver interessado em esquemas de pesagem diferenciada, como a pesagem sucessiva, devem adquirir o módulo "swt.run" e executá-lo em conjunto com o aplicativo do NONA.

 

INFO 3: Na página da Diane Lipscomb (http://www.gwu.edu/~clade/faculty/lipscomb/) é possivel fazer o download de um guia (formato DOC) para utilização do NONA.

 

  


 

 

PEE-WEE

 

Para sistema PC-DOS.

(* Desenvolvido por Pablo Goloboff)

 

Download do programa no link:

http://www.zmuc.dk/public/phylogeny/Nona-PeeWee/

 

INFO 1: Programa de busca de cladogramas por parcimônia, mas diferentemente dos programas de parcimônia convencional que buscam cladogramas mais curtos (menor comprimento), o PEE-WEE busca cladogramas de maior fitness. Trabalha exclusivamente com pesagem implícita (Goloboff, 1993), onde dá-se peso maior aos caracteres de maior fit.

 

INFO 2: Se você tiver interesse em conhecer melhor a pesagem implícita, a referência abaixo (Goloboff, 1993) é obrigatória. Muito em breve, estarei disponibilizando uma página descritiva das abordagens de pesagem de caracteres disponíveis na atualidade (pesagem igual, pesagem sucessiva, pesagem implícita). Se você tiver paciência, volte daqui algumas semanas ou meses!! Senão, você pode entrar em contato diretamente comigo pelo e-mail (Atenção: deletar o NOSPAM antes do email)

 

Referências bibliográficas:

Goloboff, P.A. 1993. Estimating character weights during tree-search. Cladistics, 9:83-91.

 


 

 

  TNT

 

                                                     AGORA FREEWARE!!!!

 

Para sistema Windows, Linux e Mac.

(*Desenvolvido por Pablo Goloboff, James Farris e Kevin Nixon)

 

Download do programa e tutoriais no ftp:

http://www.zmuc.dk/public/phylogeny/TNT/

 

 

INFO 1: Programa de busca de cladogramas que implementa métodos realmente rápidos de busca para matrizes grandes. O programa é realmente veloz, por exemplo, buscas que durariam 20 a 30 minutos no NONA ou no PEE-WEE, duram questões de segundos no TNT.

 

INFO 2: A versão anteriormente disponível no FTP acima era uma versão demo, e a versão completa do programa era disponibilizada somente após a efetivação da compra. Entretanto, desde novembro de 2007, após convênio firmado entre os autores do programa e a Willi Hennig Society, a versão completa do programa ficou disponibilizada de forma totalmente gratuita.

 

INFO 3: Artigo publicado sobre o TNT: Hovenkamp, 2004, Review of: T.N.T.Tree Analysis Using New Technology. Version 1.0, by P. Goloboff, J. S. Farris and K. Nixon. Cladistics 20(4), 378-383.

 

INFO 4: Artigo de autoria de Pablo Goloboff e colaboradores descrevendo o programa será publicado na Cladistics em 2008.

 


 

 

  MacClade

 

Para sistema Macintosh.

(*Desenvolvido por Wayne Maddison & David Maddison)

 

Maiores informações nos links:

http://phylogeny.arizona.edu/macclade/macclade.html

http://www.sinauer.com/detail.php?id=4707

 

INFO 1: É possível utilizar o MacClade em computadores com ambientes Windows, CASO você tenha instalado um programa simulador (=EMULADOR) de ambiente Macintosh. Entretanto, a versão do MacClade que suporta o uso do emulador é uma versão mais antiga. Para o uso das versões mais recentes do MacClade, torna-se necessário o uso de computadores com um sistema operacional Mac relativamente recente.

 

INFO 2: O site oficial do MacClade (primeiro link acima) apresenta várias informações quanto a bugs, atualizações, dúvidas, etc.

 

INFO 3: Levando-se em conta seu alto custo (125 dólares) e a necessidade de um computador Macintosh, a utilização do MacClade torna-se bastante restrita, principalmente considerando-se nossas (dos brasileiros) condições financeiras.

 

  


 

 

   Hennig 86

 

Para sistema PC-DOS.

(*Desenvolvido por Steve Farris)

 

Maiores informações nos links:

http://www.cladistics.org/education/hennig86.html

 

Referências bibliográficas:

Farris, J.S. 1989. Hennig86: a PC-DOS program for phylogenetic analysis. Cladistics, vol. 5: 163

 

INFO 1: É um programa relativamente antigo, foi bastante utilizado na década de 90. Atualmente, com a implementação de programas como o PAUP, NONA, TNT, seu uso está sendo bastante reduzido, tendo em vista os poucos recursos que dispõe quando comparado aos programas mais recentes. No link fornecido acima, há uma explicação detalhada de como utilizar o programa.

 

INFO 2: Na página da Diane Lipscomb (http://www.gwu.edu/~clade/faculty/lipscomb/) é possivel fazer o download de um guia (formato DOC) para utilização do Hennig86.

 


 

 

   Tree Gardener

 

Programa de interface gráfica do programa Hennig86 (DOS) para ambiente Windows.

(*desenvolvido por Tiago C. Ramos)

 

Maiores informações no link:

 

INFO: O TreeGardener nada mais é que uma interface gráfica para o uso do Hennig86 (que funciona somente em ambiente MS-DOS). Possibilita a editoração da matriz de dados, embora tenha poucos recursos se comparado ao NEXUS (ver abaixo) ou ao Winclada (ver acima). O pacote Treegardener+Hennig86 foi bastante utilizado no passado, embora atualmente dê-se preferência ao pacote Winclada+NONA e ao bastante difundido PAUP.

 

 

 


2. Softwares para editoração de matriz de dados

 

 

 

   NEXUS

 

Para sistema Windows.

(* Desenvolvido por Roderic Page)

 

Maiores informações no link:

http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/NDE/nde.html

 

INFO: Este é um programa bastante útil e prático, realmente simples de se usar. É amplamente utilizado para a construção e editoração de matrizes de dados. Possui várias ferramentas, como por exemplo a construção automática da lista de caracteres a partir da matriz já pronta, ou ainda, a associação dos estados-de-caracteres com figuras. Seu formato (nex) é compatível com vários programas de busca de cladogramas (Winclada+NONA, PAUP, etc).

 


 

 

Winclada

 

Para sistema Windows, roda vários tipos de programas como NONA, PEE-WEE, Hennig86, etc.

(* Desenvolvido por Kevin Nixon)

 

Maiores informações no link:

http://www.cladistics.com/about_winc.htm

 

Ver maiores informações logo acima.

 

 

 


3. Softwares para editoração de cladogramas

 

 

 

   TreeView

 

Para sistemas Windows, Macintosh, Linux e Unix.

(* Desenvolvido por Roderic Page)

 

Maiores informações no link:

http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html

 

INFO: Um programa que auxilia na editoração de cladogramas, possibilita editar a topologia bem como a forma de apresentação do cladograma (quadrado, triangular, etc). O único problema é que apenas apresenta os ramos, sem representar (otimizar) os respectivos caracteres que dão suporte a cada um desses ramos.

 


 

 

Winclada

 

Para sistema Windows, roda vários tipos de programas como NONA, PEE-WEE, Hennig86, etc.

(* Desenvolvido por Kevin Nixon)

 

Maiores informações no link:

http://www.cladistics.com/about_winc.htm

 

  


4. Softwares para Análise Biogeográfica e Interação Parasita-Hospedeiro

 

 

   Component

 

Para sistema Windows, Linux e Unix.

(* Desenvolvido por Roderic Page)

 

Maiores informações no link:

http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/cpw.html

 

Referências Bibliográficas:

Slowinski, J.B. 1993. COMPONENT, version 2.0. Cladistics 9: 351-353.

 


 

 

   TreeMap

 

Versão 1.0 disponível para sistemas Windows e Macintosh.

Versão 2.0 disponível somente para sistema Macintosh.

(* Desenvolvido por Roderic Page)

 

Maiores informações no link:

http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treemap.html

 

  

 


 

Se você achou esta lista insuficiente de informações para os programas descritos, OU limitada a programas de parcimônia, OU limitada a programas para dados morfológicos, OU simplesmente não gostou, aconselho-o a visitar a página "Phylogeny Programs" organizada por Joe Felsenstein e que contém uma lista completa ou muito próxima disso. Clique aqui para acessá-la.